華北制藥建立了一整套較為科學的管理制度和程序，初步形成了較為完善的技術創新體系，以華北制藥集團新藥研究開發有限責任公司（新藥公司）為核心在內部三個層次上開展技術創新工作。

一級研發以新藥公司為主，通過資源整合,形成專業突出,分工明確的小試實驗室和中試基地,主要承擔對公司發展戰略有重大影響的中長期科研開發項目和公共技術平臺建設及基礎應用研究，承擔項目立項、小試、中試、生產轉化及產品上市后的技術支撐，相關藥品的注冊工作，生產性試驗工作,引進技術的消化吸收和再創新，努力滿足生產對新技術的要求,為成果轉化架起橋梁,為二、三級研發機構提供技術指導。

二級研發以組建的鏈式專業化公司的研發機構為主，主要進行在短期內能夠實現產業化的新產品開發、新技術的引進、消化、吸收和再創新。

三級研發以車間實驗組為主，主要解決生產瓶頸問題，以生產試驗和改進生產工藝為主要任務，重點解決在日常生產過程中生產工藝和產品質量問題，提高生產指標，降低成本，提高產品質量。

三級研發機構之間相互支撐，實現資源共享，建立完整的“新藥和新技術原始創新—新產品研制開發—中試研究—產業化”技術體系。